José Ignacio Prieto nació el 12 de agosto de 1900 en Gijón. Fue bautizado en la parroquia de San Lorenzo. Vino al mundo en el seno de una familia de profundas convicciones religiosas. De hecho, su hermano mayor también se hizo sacerdote jesuita y sus dos hermanas, monjas adoratrices. Los padres acabaron tomando los hábitos tras criar a sus hijos. 
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Durante sus ochenta años de vida compuso gran cantidad de misas, motetes y responsorios, pero también música profana de raíz folclórica. Fue un maestro dirigiendo masas corales. Con la «Schola Cantorum» de la Universidad de Comillas ofreció conciertos por distintos países de Europa. 

El Padre Prieto sólo vivió en Gijón los primeros nueve años de su vida. En esa etapa fue educado en casa por su padre, profesor de instrucción pública, y por su madre, profesora de piano. Junto a ella y junto a su hermano dio los primeros pasos en el mundo musical. «La madre le inculcó la idea de que a través de la música podía llegar a Dios», señala Iván José Román Busto, un joven gijonés que está realizando su tesis doctoral sobre la figura del Padre Prieto, en el departamento de Historia del Arte y Musicología de la Universidad de Oviedo.

La familia decide trasladarse a Bilbao en 1909 para que sus dos hijos varones pudieran estudiar con maestros musicales como Jesús Guridi. «Los padres eligieron Bilbao por la intensidad musical de esa ciudad», señala el profesor Carlos Muñoz Álvarez, autor del libro «El eco de aquellas voces. La Schola Cantorum de Comillas», editado por la Universidad Pontificia.

En 1915, José Ignacio Prieto ingresó en el seminario de Loyola. A Comillas llegó en 1924, para realizar la etapa de magisterio. Desde el primer momento, en todos los centros por los que pasó, los Jesuitas siempre le hicieron encargarse de la música.

El padre del compositor, Genaro Prieto Junquera, era primo del dirigente socialista Indalecio Prieto Tuero, también de origen asturiano. El músico gijonés era, por tanto, sobrino segundo del dirigente socialista y ministro de la Segunda República, al que visitaba en ocasiones.